一、营改增对承包商利弊
国家层面，营改增能促进企业高质量自主投资。李克强总理强调，特别是在当前，把不动产纳入增值税的抵扣链条，原来我们已经把设备部分纳入了，这样非常有利于企业去投资，投资的部分可以抵税了，作为增值税抵扣项了，目前的情况下，我们是要鼓励投资，特别是鼓励高质量的投资，企业自主进行的投资，高质量的投资可以抵税了。据知乎的专业人士分析，国家推广“营改增”，利处很多：
1、减少营业税的重复征税，对大部分企业来说税负下降;
2、由于发票可以抵扣，增加了企业的议价能力;
3、营改增一旦完成，全行业会形成抵扣链。营改增的弊端是：没有办法核算进项的企业，或者科技企业等以人力为成本的企业将实际上吃亏。
承包商层面，营改增对承包商的经营模式会产生影响。目前建筑施工承包商的主要经营模式有五种——自管、直管、委管、挂靠和联合体施工。在目前的经营模式下，在总承包签订下，实施过程涉及三个主体，即业主、承包商和施工方。业主即甲方，承包商即中标或投标单位，具体承接施工的单位即为施工方。在实行增值税的管理下，要求不同法人或不同纳税主体之间必须符合增值税的链条抵扣。要符合的增值税链条规定，必须在承包商和施工方之间要完善相关合同以及增值税的链条。同样我们在税法上完善了增值税的相关链条，可能会带来与建筑法相违背或矛盾的方面，不符合建筑法的相关系列方面。相反，如果链条满足不了，增值税进项无法抵扣，那么会大大增加承包商的税费负担。
二、承包商挂靠终结的前奏？
营改增给建筑业带来的影响深远。现在，还有一些建企领导误认为：营改增仅仅就是财务部门的事情。这种认识将给企业带来致命的威胁，因为营改增将涉及全公司业务模式的大改变，是牵一发而动全身的特大事情。
目前，我国建筑行业的经营模式，实事求是的说：大都以挂靠经营方式为主，挂靠资质、交管理费，被挂靠拥有资质的企业基本上不参与项目的日常经营管理。这种挂靠经营方式在营改增之后，即建筑行业税收方式实行增值税之后，将被终结。
企业交纳的增值税是由销项税和进项税两部分来决定，销项税减去进项税就是企业实际要交纳的税，而进项税则取决于工程项目上的材料采购、劳务支出、机械租赁等各项费用取得的相应票据，若还以传统挂靠模式经营，将很难获得项目部真实的经营情况，企业必将无法获得真实、足额的票据，将导致企业至少存在两项重大经营风险：
1)进项票据存在严重不足的可能，目前国家规定的建筑业增值税率为11%，与1-3%的挂靠管理费相比，一个项目就可能会吃掉公司全年的利润，如果有几个项目出现问题，企业必将出现巨额亏损。
2)主要领导面临刑事责任坐牢的风险，因企业不参与项目实际管理，项目实际负责人可能存在虚开增值税发票风险，这样的话，将构成虚开增值税发票罪，承担责任的是企业主要领导(法人代表、主管副总、财务总监等)，已实施增值税的行业，每年都有多起类似案件，企业主要领导被判刑入狱。
三、营改增下，承包商咋办？
首先，建议承包商转变业务模式，逐步取消挂靠经营。
企业应在今后的经营过程中，规范经营管理模式，强制采取更能减少经营风险的经营模式，降低由于建筑法和增值税的管理给企业带来的风险，同时规范经营模式，对目前的经营模式进行梳理，以适合增值税的管理要求，使经营管理更规范，满足增值税的管理要求。
限于资质的问题，导致在营业税制下产生相应的施工模式，但对于未来还是选用自管的业务经营模式。否则选用其他模式给增值税管理带来复杂性，同时给增值税发票的开具和相关税控设备、以及发票的管理传递带来相应的风险。如此可以促进各工程公司来提高自身的资质水平，增强企业的竞争能力。
逐步取消采用挂靠及相互借用资质的经济事项，该模式下，风险最高。
其次，鉴于中国承包商集团设置的国情，应积极争取政策支持。
从建筑法角度，争取集团内部分包的合理性。承包商以集团的名义取得的项目，分包给集团内子公司，在增值税制下，在规范开具增值税发票，统一集团管理运营，完善发票开具链条的情况下，争取一方缴纳税金，减少资金流的支出。
如果联合体形式承包项目，建议与业主积极协商由联合体各方分别与业主签订合同，各自分别按合同约定工程内容向业主开具发票进行结算。或者改变虚拟的经济组织联合体项目部的法律地位，可由联合体两方共同组建独立的公司完成此经济事项，但这样成本较高。
四、营改增税发票如何抵扣
营改增后房地产、建筑企业不能抵扣进项税金的12种发票 ：
票款不一致的增值税专用发票
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发【1995】192号）第一条第（三）项规定：“购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的对象，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”基于此规定，票款不一致的不可以抵扣进项税金。
“对开发票”不能抵扣进项税金
《增值税暂行条例实施细则》第十一条规定：“一般纳税人销售货物或者应税劳务，开具增值税专用发票后，发生销售货物退回或者折让、开票有误等情形，应按国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。未按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。”
过渡期三种不能抵扣进项税金的发票
（一）营改增前签订的材料采购合同，已经履行合同，但建筑材料在营改增后才收到并用于营改增前未完工的项目，而且营改增后才付款给供应商而收到材料供应商开具的增值税专用发票。
（二）营改增前采购的材料已经用于营改增前已经完工的工程建设项目，营改增后才支付采购款，而收到供应商开具的增值税专用发票。
（三）营改增之前采购的设备、劳保用品、办公用品并支付款项，但营改增后收到供应商开具的增值税专用发票。
七种不能抵扣进项税金的特殊发票
（一）没有供应商开具销售清单的开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票。国税发[2006]156号第十二条规定：一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。因此，没有供应商开具销售清单的开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票，不可以抵扣进项税金。
（二）获得按照简易征收办法的供应商开具的增值税发票《国家税务总局关于简并增值税征收率有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第36号）规定：一般纳税人销售自产的下列货物，可选择按照简易办法依照3％征收率计算缴纳增值税，同时不得开具增值税专用发票。
1、建筑用和生产建筑材料所用的砂、土、石料。2、以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产的砖、瓦、石灰（不含粘土实心砖、瓦）。
3、商品混凝土（仅限于以水泥为原料生产的水泥混凝土）。因此，建筑企业购买的沙、石料，如果是从按照简易征收办法的供应商采购的，则建筑企业只能获得增值税普通发票，则不能抵扣进项税金。
（三）购买职工福利用品的增值税专用发票财税[2013]106号附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第十条第（一）项规定，用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。
（四）发生非正常损失的材料和运输费用中含有的进项税金（例如，工地上被小偷偷窃的钢材、水泥）财税[2013]106号附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第十条第（二）项规定，非正常损失的购进货物及相关的加工修理修配劳务和交通运输业服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。财税[2013]106号
附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第十条第（二）项规定第（三）项规定：非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务或者交通运输业服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。
（五）建筑施工企业自建工程所采购建筑材料所收到的增值税专用发票。
（六）房地产公司开发的开发产品，例如商铺、商场、写字楼自己持有经营，以上开发产品所耗用的建筑材料和建筑公司提供的建筑劳务部分的进项税额不得从销项税额中抵扣。
（七）获得的增值税专用发票超过法定认证期限180天。《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、（货物运输增值税专用发票）和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。基于此规定，获得的增值税专用发票超过法定认证期限180天不可以抵扣进项税额。
附：住房城乡建设部办公厅关于做好建筑业营改增建设工程计价依据调整准备工作的通知（建办标[2016]4号）
为适应建筑业营改增的需要，我部组织开展了建筑业营改增对工程造价及计价依据影响的专题研究，并请部分省市进行了测试，形成了工程造价构成各项费用调整和税金计算方法，现就工程计价依据调整准备有关工作通知如下。
一、为保证营改增后工程计价依据的顺利调整，各地区、各部门应重新确定税金的计算方法，做好工程计价定额、价格信息等计价依据调整的准备工作。
二、按照前期研究和测试的成果，工程造价可按以下公式计算：工程造价=税前工程造价×（1+11%）。其中，11%为建筑业拟征增值税税率，税前工程造价为人工费、材料费、施工机具使用费、企业管理费、利润和规费之和，各费用项目均以不包含增值税可抵扣进项税额的价格计算，相应计价依据按上述方法调整。
三、有关地区和部门可根据计价依据管理的实际情况，采取满足增值税下工程计价要求的其他调整方法。
各地区、各部门要高度重视此项工作，加强领导，采取措施，于2016年4月底前完成计价依据的调整准备，在调整准备工作中的有关意见和建议请及时反馈我部标准定额司。